Il faut favoriser les filières de valorisation comme le recyclage industriel (quand il est possible) et la valorisation énergétique par incinération. L'élimination en centre de stockage est strictement réservée aux déchets ultimes depuis 2002. Les boues admises en décharge de classe 1 doivent remplir des critères de dangerosité et toxicité très rigoureux et subir une stabilisation.
Par courrier en date du 4 décembre 2002, la Commission Européenne a précisé que seules les matières animales issues du pré traitement des eaux usées sont concernées par ces obligations. En conséquence, les boues produites par les stations d'épuration après l'étape de pré traitement sont exclues du champ d'application du règlement. Les obligations de traitement (pasteurisation ou stérilisation) du règlement ne sont donc pas applicables aux boues d'abattoir. Ces dispositions ont été reprises et confirmées dans une circulaire du Ministère de l'Écologie en date du 7 janvier 2003. Ceci n'est toutefois possible que pour les boues des stations d'épuration disposant d'un système de rétention des matières solides animales d'une maille égale ou inférieure à 6 mm.
L'installation de compostage sera sous un statut I.C.P.E. ? rubrique 167-c, le maître d'ouvrage devant disposer de toutes les autorisations requises par le régime I.C.P.E.. Le compost n'étant ni homologué, ni conforme à la norme NFU 44-095, l'épandage se fera dans le cadre d'un plan d'épandage au titre de la loi sur les I.C.P.E. (avec contrôle par la DRIRE) que devra avoir déposé l'exploitant de la plate-forme de compostage. Noter que si le compost est homologué ou répond à la norme NFU 44-095, l'installation de compostage sera cette fois-ci sous un statut I.C.P.E. ? rubrique 2170, sans obligation de plan d'épandage.
Le fait de déléguer à un tiers le compostage de ses boues n'exonère pas le producteur de boues de sa responsabilité sur les épandages, notamment en ce qui concerne des atteintes éventuelles aux cultures. Ceci n'exclue pas de bien préciser dans les contrats de sous-traitance entre l'industriel et le « composteur » des règles de prise en charge des différentes responsabilités (transport, salissure des routes, nuisances olfactives lors du compostage, maturité du compost pour éviter les atteintes aux cultures par faim d'azote, etc.).
Afin de clarifier la situation et de ne pas être tenu responsable de la totalité des boues rejetées par la STEP, vous devez établir une convention de raccordement au réseau avec la STEP mentionnant quel type d'eaux usées vous rejetez dans le réseau. Contactez le Syndicat d'Assainissement dont vous dépendez.